Η Δρ. Αφροδίτη Αναγνωστοπούλου εργάζεται ως Κύρια Ερευνήτρια (Β’ βαθμίδας) στο Ινστιτούτο Βιώσιμης Κινητικότητας και Δικτύων Μεταφορών του Εθνικού Κέντρου Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης, επιβλέπει το εργαστήριο της «Οικονομικής – Κοινωνικής Θεώρησης των Συστημάτων Μεταφορών» και εκτελεί επίσης καθήκοντα ως Αναπληρώτρια Επικεφαλής του Τομέα για τα Οικονομικά και Περιβαλλοντικά Θέματα – Θαλάσσιες και Αεροπορικές Μεταφορές του Ινστιτούτου. Έχει πλούσια ερευνητική δραστηριότητα με πολλές δημοσιεύσεις και επίσης, συμμετέχει σε διάφορα εθνικά και ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα. Επιπλέον, διδάσκει ως εξωτερικός συνεργάτης σε Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών από το 2018. Είναι απόφοιτη του τμήματος Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών, κατέχει μεταπτυχιακό δίπλωμα σε Computer Science από το University College London και έχει ανακηρυχθεί διδάκτορας του τμήματος Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών.